يعد تنفيذ مشاريع إعادة هندسة العمليات من أكثر المشاريع تعقيداً حيث تتطلب مراعاة العديد من العوامل لتحقيق النجاح والتي وجد المهتمون ان أهمها التزام الإدارة، والتواصل لهدف التغيير، والتركيز على احتياجات العملاء، والتوظيف الأمثل للتكنولوجيا وبالمثل، ذكر آخرون ان عوامل النجاح الحاسمة في تنفيذ إعادة هندسة الأعمال هي إدارة التغيير والثقافة، وكفاءة الإدارة والدعم، وتخطيط وإدارة المشاريع، ومستوى التعاون بين الموظفين، والبنية التحتية لتكنولوجيا المعلومات والاستفادة المثلى من الممكنات الاخرى.
اما التحديات والعوامل التي قد تؤثر على مشاريع إعادة هندسة أداء العمليات وتعتبر بمثابة مؤشر سلبي عند ظهورها اثناء مراحل التنفيذ تتمثل في خوف الإدارة الوسطى من فقدان السلطة، وخوف الموظفين من فقدان الوظائف، والشكوك المتناقلة بين الموظفين حول جدوى وفاعلية المشروع، وضعف استعداد الموظفين للتغير وعدم القدرة على خلق وتبني هذه الثقافة داخل المنظمة. بالإضافة الى ضعف فاعلية الاتصالات الداخلية، ووجود مظاهر المقاومة التنظيمية والتي وبدون اتباع نهج فعال للتعامل معها فمن المؤكد انها ستقود هذا النوع من المشاريع للفشل، كذلك عدم كفاءة فرق عمل إعادة هندسة العمليات.
كما ان سوء الفهم الشائع لمفهوم إعادة هندسة العمليات في عالمنا العربي، بالإضافة الى سوء التطبيق وضعف الأدراك لدى الكثيرين حول ماهيته وأهميته والتصورات الخاطئة عن إعادة هندسة العمليات والشائعة في الأوساط المهنية والتي أبرزها تقليص حجم الموارد البشرية او إعادة الهيكلة التنظيمية كنتائج لهذه العملية كانت عوامل سلبية مؤثرة على إقدام المنظمات على تنفيذ هذه النوع من المشاريع. وتركز مشاريع هندسة العمليات بشكل أساسي على مراجعة عمليات وانشطة المنظمة ومن ثم قياس مدى القدرة على التغيير في الأساليب والطرق التي يتم بها تنفيذ الاعمال بها وتتطلب عملية إعادة هندسة الأداء غالباً تفكيرًا إبداعيًا ومنظورًا جديدًا وطرق تفكير غير تقليدية وافراداً يتسمون بالمرونة والتطلع المستمر للتغيير.
وتعد مشاريع إعادة هندسة العمليات احد الظواهر الحديثة في القطاع الحكومي في المملكة ، حيث بدأت الجهات الحكومية في السعودية في التحول الرقمي بهدف تحسين جودة الخدمات المقدمة ورضا العملاء الا ان العديد من الخدمات الحكومية في اشكالها الرقمية مازالت تعكس ما يتم تقديمة من خدمات بطريقة تقليدية من حيث الإجراءات الداخلية المتبعة من دون وجود تغيير جذري في طرق العمل، ومن المفترض ان تتضمن عمليات التحول تغيير العديد من افتراضات ومبادئ الخدمة وإعادة دراسة طبيعة العمل والعاملين الى جانب بناء استراتيجيات تتمحور حول خدمة ورضا المواطن و تركز على تحسين الأنشطة والعمليات وتحسين مستوى الإنتاجية والتحكم والتقليل من الهدر.